1974 yılında Rize Çayeli’nde doğdu. İlköğrenimini Rize’de, lise eğitimini Sakarya’da tamamladı. 1995 yılında Gazi Üniversitesi İletişim Fakültesi Halkla İlişkiler ve Tanıtım Bölümü’nden mezun oldu. 2002 yılında da Gazetecilik Anabilim Dalı’nda Yüksek Lisans yaptı.
Sırasıyla, İçişleri Bakanlığı, TBMM, Adalet Bakanlığı, Sanayi ve Ticaret Bakanlığı, RTÜK, Başbakanlık gibi birçok kurumda yöneticilik yaptı. Anadolu Ajansı'nda Genel Müdür Yardımcılığı görevinde bulundu. Aile ve Sosyal Politikalar Bakanlığında Müsteşar Yardımcısı ve Müsteşar olarak görev yaptı.
6112 sayılı Radyo ve Televizyonların Kuruluş ve Yayın Hizmetleri Hakkında Kanunun 35'inci maddesi uyarınca Türkiye Büyük Millet Meclisi Genel Kurulunun 16.10.2017 tarihli ve 8'inci Birleşiminde yapılan seçim sonucunda Radyo ve Televizyon Üst Kurulu Üyeliğine seçilmiştir.
Üye olarak bir süre görev yaptıktan sonra 23.01.2019 tarihinde yapılan seçimle Üst Kurul Başkanı olan Şahin, evli ve Zeynep Melike ile Ahmet Burak'ın babasıdır. Ebubekir Şahin, İngilizce bilmektedir.
İki yıllık başkanlık görevinden sonra 25.01.2021 tarihinde ikinci, 25.01.2023 tarihinde üçüncü ve 18.10.2023 tarihinde de dördünüc kez RTÜK Üst Kurul Başkanlığına yeniden seçildi.
