1944 yılında Rize'nin Pazar ilçesine bağlı Subaşı köyünde doğdu. 1954 yılında Zonguldak Gazi İlkokulu'nu bitirdi. 1961 yılında Zonguldak Mehmet Çelikel Lisesi’nde orta ve lise öğrenimini tamamladı.
1967 yılında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi'nden mezun oldu ve 1971 yılında genel cerrahi uzmanı oldu. ABD'nin Teksas eyaleti Galveston şehrindeki Shriner Yanık Enstitüsü'nde ve John Seally Hastanesi'nde yanık tedavisi yüksek uzmanlık (1973); Colorado Üniversitesi Tıp Fakültesi, Organ Nakli Merkezi'nde yüksek uzmanlığı yaptı (1974-1975).
3 Kasım 1975 tarihinde Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Genel Cerrahi Bölümü'nde, Türkiye'de ilk kez annesinden 12 yaşındaki bir çocuğa, akrabalar arası böbrek naklini gerçekleştirdi. 10 Ekim 1978'de Avrupa Trasplantasyon Birliği'nden (Eurotransplant) sağlanan ölü böbrek ile Türkiye'de ilk defa kadavradan böbrek naklini gerçekleştirdi. 2238 sayılı Kanun ile organ ve doku nakli yasasının çıkmasında rol oynadı.
1979'da Ankara'da 1. Ulusal Yanık Kurultayını Ankara'da düzenleyen Haberal, 1980'de Türkiye Organ Nakli ve Yanık Tedavi Vakfı'nı kurdu ve iki yıl sonra Mart 1982'de aynı vakfa bağlı Hemodiyaliz Merkezi'ni açtı. Aynı yıl, genel cerrahi profesörü oldu.
1983 yılında Ankara'da ilk organ nakli kurultayını düzenledi. Ertesi yıl, Orta Doğu'da organ paylaşımı ve teminini kolaylaştırmak için Orta Doğu Diyaliz ve Organ Nakli Vakfı'nı kurdu. 1985'te Ankara'da Türkiye Organ Nakli ve Yanık Tedavi Vakfı Hastanesi'ni kurdu. 1987'de Orta Doğu Organ Nakli Derneği'ni kurdu ve başkanlığını üstlendi. 1990 yılında Türkiye Organ Nakli Derneği'nin kurucu üyesi ve başkanı oldu.
1986'da Haberal Eğitim Vakfı'nı kurdu.
1991 Türkiye genel seçimlerinde Doğru Yol Partisi'nin Rize milletvekili adayı oldu fakat meclise giremedi. Partinin seçim vaatlerinden birisi olan ve 1992 yılında başlatılan Yeşil Kart uygulamasının mimarıdır.
1994 yılında Ankara'da Türkiye'nin ilk vakıf üniversitelerinden birisi olan Başkent Üniversitesi'ni kurdu ve kurucu rektör olarak görev yaptı. Ergenekon operasyonu kapsamında tutuklanana kadar rektörlüğü sürdürdü.
2000 yılında dönemin başbakanı Bülent Ecevit tarafından cumhurbaşkanlığı teklif edildi ancak bu teklifi kabul etmedi. 2004'te "Kanal B", "Radyo Başkent" ve "Başkent Haber Ajansı'nı kurdu.
17 Nisan 2009’da Ergenekon operasyonu kapsamında tutuklandı. Aynı gün geçirdiği kalp spazmından sonra iki yıl Cerrahpaşa Hastanesi’ndeki tek kişilik bir odada tutuklu kaldı; 11 Mart 2011’de Silivri Cezaevi’ne gönderildi. Tutuklu bulunduğu sırada 2010 yılında Amerikan Cerrahlar Koleji tarafından şeref üyeliğine seçildi. Bu üyeliğe seçilen ilk Türk oldu. 2011 Türkiye genel seçimlerinde CHP Zonguldak milletvekili olarak seçildi ancak seçildiği tarihte cezaevinde olduğu için seçimden sonra uzun süre milletvekili yeminini edip TBMM'de göreve başlayamadı. 5 Ağustos 2013'te karara bağlanan Ergenekon davasında "cebir ve şiddetle hükûmetin görevini yapmayı engelleme" suçunu işlediğine kanaat getirilerek 12 yıl 6 ay hapis cezasına çarptırıldı. 6 Ağustos 2013 tarihinde tahliye edildi. Milletvekili seçilmesinden 27 ay sonra, 2 Ekim 2013 günü TBMM'de yemin edebildi. Ergenekon Davası, "Ergenekon isimli bir örgüt yok." diyerek 21 Nisan 2016 tarihinde Yargıtay tarafından bozuldu. Haberal'ın mahkemede yargıçlar karşısındaki sözlü savunması, çapraz sorgudaki yanıtları ve avukatların savunmaları "Prof.Dr. Mehmet Haberal'ın Sözlü Silivri Savunması: Suçum Ne?" adıyla kitaplaştırıldı.
Haberal, 2012 yılında 27 ülkeden 66 bilim insanı ile "Dünya Tıp, Tıbbi Araştırma-Teknik ve Etik Bilimler Akademisi'ni (WAMBES)" kurdu.
22 Ağustos 2016 tarihinde Dünya Organ Nakli Derneği Kongresinde oybirliği ile 2018-2020 dönemi için dernek başkanlığına seçildi. 2017'de Amerikan Cerrahlar Koleji Uluslararası Yardımseverlik (Philanthropy (Filantropizm)) Ödülü'ne layık görüldü.
Haberal Dört çocuk sahibdir.
Ödüller
1983-Sedat Simavi Vakfı Sağlık Bilimleri Ödülü
1985- Amerikan Yanık Derneği "Everett Idris Evans Özel Ödülü"
2000- Dünya Transplantasyon Derneği'nin Roma'daki kongresi "Milenyum Madalyası"[18]
2006- Kuveyt Sağlık Bakanı Şeyh Ahmad Al-Abdulla Al-Sabah "Ömür Boyu Başarı Ödülü" [18]
2010- Amerikan Cerrahlar Koleji "Şeref Üyesi" [18]
2017- Amerikan Cerrahlar Koleji Uluslararası Yardımseverlik (Philanthropy) Ödülü
( Güncellendi 2022 )
